Возможности комплексного соматического профилирования опухолевой ткани для персонализированного подхода при выборе лечения различных злокачественных новообразований

Цель исследования. Оценка персонализации противоопухолевой терапии с использованием комплексного соматического профилирования (КСП) для пациентов с солидными опухолями.

Пациенты и методы. В статье приведены результаты исследования пациентов из Ямало-Ненецкого автономного округа с злокачественными новообразованиями (ЗНО) различных локализаций: рак молочной железы (n = 4), колоректальный рак (n = 3), рак желудка (n = 1), рак шейки матки (n = 1), рак яичников (n = 1), рак предстательной железы (n = 1). Молекулярно-генетические исследования проведены на основе панели Sentis™ Cancer+Discovery Panel (BGI). Биоматериал – опухолевая ткань (срезы FFPE), содержание опухолевых клеток в образце – не менее 20 %. Параметры высокопроизводительного секвенирования (NGS): глубина прочтения – не менее ×900 для образца опухоли, не менее ×300 – для контрольного образца (венозная кровь), размер вставки 140–210 п.н.о., Q30 > 80 %, охват > 90 %. Проводился анализ 689 генов, микросателлитной нестабильности (MSI), мутационной нагрузки (TMB) и герминальных вариантов в контрольном образце.

Результаты. В 8 из 11 (72,7 %) случаев выявлены клинически значимые соматические маркеры в опухолевой ткани, которые могут быть использованы для улучшения результатов лечения. Потенциальная коррекция плана лечения в 5 из 8 (62,5 %) представленных случаев подразумевает применение противоопухолевых лекарственных препаратов офф-лейбл и возможна только по решению врачебной комиссии. В 4 из 11 (36,4 %) случаев необходимо обследование родственников в связи с выявленными герминальными (наследуемыми) вариантами у пациентов.

Заключение. Применение КСП в клинической практике позволяет расширить персонализированный подход к лечению пациентов с метастатическими и прогрессирующими формами ЗНО за счет идентификации дополнительных потенциальных маркеров чувствительности или резистентности к противоопухолевым таргетным препаратам и иммунотерапии. Целесообразно продолжить оценку эффективности применения КСП на большей выборке.

1. Chakravarty D, Solit DB. Clinical cancer genomic profiling. Nat Rev Genet. 2021 Aug;22(8):483–501. https://doi.org/10.1038/s41576-021-00338-8

2. Zhong L, Li Y, Xiong L, Wang W, Wu M, Yuan T, et al. Small molecules in targeted cancer therapy: advances, challenges, and future perspectives. Signal Transduct Target Ther. 2021 May 31;6(1):201. https://doi.org/10.1038/s41392-021-00572-w

3. Ida H, Koyama T, Mizuno T, Sunami K, Kubo T, Sudo K, et al. Clinical utility of comprehensive genomic profiling tests for advanced or metastatic solid tumor in clinical practice. Cancer Sci. 2022 Dec;113(12):4300–4310. https://doi.org/10.1111/cas.15586

4. Milbury CA, Creeden J, Yip WK, Smith DL, Pattani V, Maxwell K, et al. Clinical and analytical validation of FoundationOne®CDx, a comprehensive genomic profiling assay for solid tumors. PLoS One. 2022 Mar 16;17(3):e0264138. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0264138

5. Froyen G, Volders PJ, Geerdens E, Berden S, Van der Meulen J, De Cock A, et al. Analysis of comprehensive genomic profiling of solid tumors with a novel assay for broad analysis in clinical diagnostics. Mol Oncol. 2025 Jun;19(6):1797–1810. https://doi.org/10.1002/1878-0261.13812

6. Vestergaard LK, Oliveira DNP, Poulsen TS, Høgdall CK, Høgdall EV. Oncomine™ Comprehensive Assay v3 vs. Oncomine™ Comprehensive Assay Plus. Cancers (Basel). 2021 Oct 18;13(20):5230. https://doi.org/10.3390/cancers13205230

7. Julka PK, Arya D, Gupta S. Comprehensive Genomic Profiling Across Diverse Solid Tumors: A Real-World Experience From India With FoundationOne®CDx Testing. Cureus. 2026 Jan 18;18(1):e101804 https://doi.org/10.7759/cureus.101804

8. Matsubara J, Mukai K, Kondo T, Yoshioka M, Kage H, Oda K, et al. First-Line Genomic Profiling in Previously Untreated Advanced Solid Tumors: 1-Year Follow-Up of the FIRST-Dx Study. Cancer Sci. 2025 Jul;116(7):1908–1919. https://doi.org/10.1111/cas.70077

9. Кузнецова О. А., Федянин М. Ю., Иванов М. В., Трякин А. А., Борщев Г. Г., Лебедева А. А. и соавт. Применение панелей комплексного молекулярного профилирования при опухолях желудочно-кишечного тракта. Обзор литературы и собственные результаты. Материалы конгресса. Злокачественные опухоли. 2023;13(3S1):7–17. https://doi.org/10.18027/2224-5057-2023-13-3s1-7-17

10. Степанова М. Л., Кузнецова О. А., Шило П. С., Моисеенко Ф. В., Абдулоева Н. Х., Артемьева Е. В., и др. Персонализированная терапия при солидных опухолях: результаты ретроспективного многоцентрового исследования клинической применимости теста FoundationOne® Medicine. Тазовая хирургия и онкология. 2022;12(3):26–35. https://doi.org/10.17650/2686-9594-2022-12-3-26-35

11. Шило П. С., Макаркина М. Л., Захаренко А. А. Предикторы успешной молекулярно-направленной терапии на основании данных комплексного геномного профилирования. Наука и инновации в медицине. 2025;10(1):63–68. https://doi.org/10.35693/SIM646475

12. Cordova-Delgado M, Pizarro G, Pinto MP, Herrera ME, Garrido M. Case Report: Molecular Features and Treatment Options for Small Bowel Adenocarcinoma. Front Oncol. 2021 Mar 10;11:593561. https://doi.org/10.3389/fonc.2021.593561

13. Cordova-Delgado M, Pinto MP, Pizarro G, Koch E, Vargas C, Hernández M, et al. Proteogenomic analysis in an early onset diffuse gastric cancer patient revealed alterations in PIK3R1, TP53, SMAD4 and a potential role of the PI3K-AKT and EGFR pathways: a case report. J Gastrointest Oncol. 2022 Aug;13(4):2057–2064. https://doi.org/10.21037/jgo-21-780

14. Yang S, Wang X, Jiang H, Wang Y, Li Z, Lu H. Effective treatment of aggressive fibromatosis with celecoxib guided by genetic testing. Cancer Biol Ther. 2017 Oct 3;18(10):757–760. https://doi.org/10.1080/15384047.2017.1373215

15. Hou H, Zhu H, Zhao H, Yan W, Wang Y, Jiang M, et al. Comprehensive Molecular Characterization of Young Chinese Patients with Lung Adenocarcinoma Identified a Distinctive Genetic Profile. Oncologist. 2018 Sep;23(9):1008–1015. https://doi.org/10.1634/theoncologist.2017-0629

16. Ассоциация онкологов России, Общероссийская общественная организация «Российское общество клинической онкологии», Региональная общественная организация «Общество Специалистов Поддерживающей Терапии в Онкологии», Российское общество детских онкологов и гематологов. Клинические рекомендации «Опухоли невыявленной первичной локализации», 2024 г. Доступно по: https://cr.minzdrav.gov.ru/view-cr/893_1

17. American College of Medical Genetics and Genomics. Доступно по: https://www.acmg.net/

18. OMIM. Online Mendelian Inheritance in Man. Доступно по: https://omim.org

19. База данных National Center for Biotechnology Information. Доступно по: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/

20. База данных VarSome. The Human Genomics Community. Доступно по: https://varsome.com/

21. Bidard FC, Kaklamani VG, Neven P, Streich G, Montero AJ, Forget F, et al. Elacestrant (oral selective estrogen receptor degrader) Versus Standard Endocrine Therapy for Estrogen Receptor-Positive, Human Epidermal Growth Factor Receptor 2-Negative Advanced Breast Cancer: Results From the Randomized Phase III EMERALD Trial. J Clin Oncol. 2022 Oct 1;40(28):3246-3256. https://doi.org/10.1200/jco.22.00338 Erratum in: J Clin Oncol. 2023 Aug 10;41(23):3962. https://doi.org/10.1200/jco.23.01239

22. McGranahan N, Swanton C. Clonal Heterogeneity and Tumor Evolution: Past, Present, and the Future. Cell. 2017 Feb 9;168(4):613– 628. https://doi.org/10.1016/j.cell.2017.01.018

23. Holt ME, Misch A, Rao SK, Sturgill E, Jones C, Schlauch D, et al. De novo EGFR T790M mutations in a community-based oncology practice. J Clin Oncol. 2022;40(16_suppl):3146

24. Maeda C, Shinada K, Murakami S, Saito H. Efficacy of osimertinib for lung squamous cell carcinoma with de novo EGFR T790M-positive: Case report and literature review. Thorac Cancer. 2023 Oct;14(28):2886–2889. https://doi.org/10.1111/1759-7714.15081

25. Feng Z, Shao D, Cai Y, Bi R, Ju X, Chen D, et al. Homologous recombination deficiency status predicts response to platinum-based chemotherapy in Chinese patients with high-grade serous ovarian carcinoma. J Ovarian Res. 2023 Mar 15;16(1):53. https://doi.org/10.1186/s13048-023-01129-x

26. Huang XZ, Jia H, Xiao Q, Li RZ, Wang XS, Yin HY, Zhou X. Efficacy and Prognostic Factors for PARP Inhibitors in Patients With Ovarian Cancer. Front Oncol. 2020 Jun 16;10:958. https://doi.org/10.3389/fonc.2020.00958

27. Palmeri M, Mehnert J, Silk AW, Jabbour SK, Ganesan S, Popli P, et al. Real-world application of tumor mutational burden-high (TMBhigh) and microsatellite instability (MSI) confirms their utility as immunotherapy biomarkers. ESMO Open. 2022 Feb;7(1):100336. https://doi.org/10.1016/j.esmoop.2021.100336

28. Ringenbach S, et al. Tumor mutation burden in colorectal cancers with POLE exonuclease and non-exonuclease domain variants. J Clin Oncol. 2023;41:224–224. https://doi.org/10.1200/jco.2023.41.4_suppl.224

29. Zhou J, Wang H, Fu F, Li Z, Feng Q, Wu W, et al. Spectrum of PALB2 germline mutations and characteristics of PALB2-related breast cancer: Screening of 16,501 unselected patients with breast cancer and 5890 controls by next-generation sequencing. Cancer. 2020 Jul 15;126(14):3202–3208. https://doi.org/10.1002/cncr.32905

30. Lynch Syndrome. Cancer.Net. Доступно по: https://www.cancer.net/cancer-types/lynch-syndrome

31. Goldberg M, Bell K, Aronson M, Semotiuk K, Pond G, Gallinger S, Zbuk K. Association between the Lynch syndrome gene MSH2 and breast cancer susceptibility in a Canadian familial cancer registry. J Med Genet. 2017 Nov;54(11):742–746. https://doi.org/10.1136/jmedgenet-2017-104542